一次，在靠近县城的地方，乡民们结伙械斗仇杀。人们误认为羌人要造反，惊慌失措，争先恐后涌人城来。狄道县县长闻变，赶到马援府门，请示关闭城门，整兵戒备。马援当时正与宾客饮酒，得此消息，大笑道：“烧虏何敢复犯我。晓狄道长归守寺舍，良怖急者，可黙下伏”（《后汉书·马援列传》）。不久，城中安定下来，才知是虚惊一场，大家愈发佩服马援。
马援关心国事。遇到该说的话，从不隐饰回避。他在陇西，发现币制混乱，使用不便，就上书给朝廷，提出应该像过去一样铸造五铢钱。朝廷把他的建议提交三府（汉制，三公皆可开府，因称三公为三府）审议。三府奏明皇帝，说马援的建议不可行，这事就搁置起来了。马援认为币制关系重大，始终挂记此事。后来，他从陇西调入朝廷任虎贲中郎将，回朝后，马上就去找回了自己的奏章。见奏章上批有十几条非难意见，便依据情理加以驳正解释，重新写成表章上奏。光武帝见他言之有理，采纳了他的意见，天下从此得益很多。马援回到朝廷后，屡次被接见。他须发明丽，眉目如画，善于应对，尤其善于叙述前代故事。在他口中，三辅长者、闾里少年，均有可观可听之处。皇太子、诸王听马援讲故事，从不感到厌倦。马援还善言军事，光武帝常对人说：“伏波论兵，与我意合”（《后汉书·马援列传》）。因此，凡是马援提的建议，光武帝都予采纳。
有一次，马援在寻阳（今湖北广济东北）平定山林乱者，曾上表给皇帝，其中有这样的话：“破贼须灭巢，除掉山林竹木，敌人就没有藏身之地了。好比小孩头上生了虮虱，剃一个光头，虮虱也就无所依附了。”据说，光武帝览书后，觉得马援这办法、这比喻，都堪称绝妙，赞叹之余，来了个当场运用，下令把宫中小黄门头上有虱子的，一律剃成了光头。
出征交趾
光武帝建武十三年（37年），苏定出任交趾太守。在麊泠县（今越南水富省安朗县夏雷乡），雒将的女儿--征侧和她妹妹征贰是交趾贵族中有影响的人物。征侧生性强悍，雄勇不羁，嫁给朱鸢（在今越南河西、南河地区）贵族诗索为妻。当时，征侧犯法，苏定要依法惩处她，征侧不服，便和丈夫诗索一起起来反汉。苏定杀掉了诗索。于是征侧、征贰便举兵攻打苏定。苏定慌忙关闭城门，躲避在羸搂城中。二征占据了交趾、九真的大部分地区。九真、日南、合浦（今广西北海合浦县东北）等地的越人也起兵响应，各郡守纷纷内避，岭南60余城尽被占领。征侧便在麊泠趁机自立为王，公开与东汉朝廷决裂。光武帝任命马援为伏波将军，此后，世人皆称马援为马伏波。以扶乐侯刘隆为副将，率领楼船将军段志等南击交趾。部队到合浦时，段志去世，皇帝下诏书命马援兼领其军。于是，马援统军沿海开进，随山开路，长驱直入千余里。建武十八年（42年）春，马援率军到达浪泊，与敌大战，攻破其军，斩首数千级，降者万余人。马援乘胜进击，在禁溪一带数败徵侧，敌众四散奔逃。第二年正月，诛杀了征侧、征贰，传首洛阳。朝廷封马援为新息侯，食邑三千户。
马援封侯，没有自己庆贺，而是杀牛摆酒，犒赏将士。饮酒中间，他从容地对手下说了一段感慨深长的话：“吾从弟少游常哀吾慷慨多大志，曰：‘士生一世，但取衣食裁足，乘下泽车，御款段马（款段：马行迟缓的样子），为郡掾史，守坟墓，乡里称善人，斯可矣。致求盈余，但自苦耳。’当吾在浪泊、西里闲，虏未灭之时，下潦上雾，毒气重蒸，仰视飞鸢跕跕墯水中，卧念少游平生时语，何可得也！今赖士大夫之力，被蒙大恩，猥先诸君纡佩金紫，且喜且臱”（《后汉书·马援列传》）。吏士听后，敬佩不已，皆伏地山呼万岁。接着，马援率大小楼船两千多艘，战士两万多人，进击征侧余党都羊等，从无功一直打到巨风，斩俘五千多人，平定了峤南。马援见西于县辖地辽阔，有三万二千多户，边远地方离治所一千多里，管理不便，就上书给皇帝，请求将西于分成封溪、望海二县。皇帝许之。马援每到一处，都组织人力，为郡县修治城郭，并开渠引水，灌溉田地，便利百姓。马援还参照汉代法律，对越律进行了整理，修正了越律与汉律相互矛盾的地方，并向当地人申明，以便约束。从此之后，当地始终遵循马援所申法律，所谓“奉行马将军故事。”
建武二十年（44年）秋，马援率部凯旋回京。将士中，十之四、五死于瘴疫。光武帝赐给马援一辆兵车，让他上朝与九卿同列。马援好骑马，也善于鉴别名马。他在交趾时，获得了骆越地方的铜鼓，便把它铸成骏马的模型，回朝后献给皇帝。他在表章中说：“夫行天莫如龙，行地莫如马。马者，甲兵之本，国之大用。安宁则以别尊卑之序，有变则以济远近之难。昔有麒骥，一日千里，伯乐见之，昭然不惑。近世有西河子舆，亦明相法。子舆传西河仪长孺，长孺传茂陵丁君都，君都传成纪杨子阿。臣援常师事子阿，受相马骨法，考之行事，则有验效。臣愚以为传闻不如亲见，视影不如察形。今欲形之于生马，则骨法难备具，又不可传之于后。孝武皇帝时，善相马者东门京铸作铜马法献之，有诏立马于鲁班门外，则更名鲁班门曰金马门。臣谨依仪氏鞘、中帛氏口齿、谢氏唇髻、丁氏身中，备此数家骨相以为法”（《后汉书·马援列传》）。马高三尺四寸，围四尺五寸。皇帝下诏，命将此马放在宣德殿下，以作为名马的标准。马援并不汲汲于功名利禄，他担心的只是自己无功受禄，才德不能称位，因而，总想尽可能多地为国家出力。
马援的部队从交趾回军时，还没到京师，好多老朋友都去迎接他，慰问他。平陵人孟冀也在其中。孟冀以多智着称，他在席间向马援祝贺。马援对他说：“吾望子有善言，反同觽人邪？昔伏波将军路博德开置七郡，裁封数百户；今我微劳，猥飨大县，功薄赏厚，何以能长久乎？先生奚用相济？”孟冀回答：“愚不及。”马援又诚恳地说：“方今匈奴、乌桓尚扰北边，欲自请击之。男儿要当死于边野，以马革裹尸还葬耳，何能卧黙上在儿女子手中邪？”孟冀说：“谅为烈士，当如此矣”（《后汉书·马援列传》）。这便是马革裹尸的来历。
南征北战
马援回到京城一个多月，正值匈奴、乌桓进犯扶风，马援见三辅地区受到侵掠、皇家陵园不能保全，就自愿请求率兵出征，朝廷同意了。马援九月才回京师，十二月又要带兵出屯襄国（河北邢台），只有真为国忘身，才能有如此之境界。光武帝因他勉劳国事，刚刚征南回来，又要离京，命令百官都去送行，以示荣宠。马援对梁松、窦固说：“凡人为贵，当使可贱，如卿等欲不可复贱，居高坚自持，勉思鄙言。”梁松果被马援言中，而窦固也险些被杀。第二年秋，他率领三千骑兵出高柳，先后巡行雁门、代郡、上谷等地。乌桓哨兵发现汉军到来，部众纷纷散去，马援无所得而还。
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